Les navires de transport maritime sont pointés du doigt pour leurs émissions polluantes, notamment dans l'atmosphère. L'oxyde de souffre et l'oxyde d'azote sont particulièrement scrutés par la communauté scientifique pour leurs effets néfastes sur la santé des populations littorales.

On attribue cette pollution d'une part à l'utilisation du fuel lourd comme carburant, mais également à la vitesse des navires, ou encore à leur vétusté.