Le laboratoire côtier d’Arcachon est chargé de missions pérennes de surveillance et de collecte de données sur la qualité du milieu marin littoral. A cet effet, il met en œuvre les différents réseaux de surveillance gérés par l’Ifremer (ROCCH, REMI, REPHY, Observatoire Conchylicole et REPAMO) sur le littoral de trois départements : la Gironde, les Landes et les Pyrénées-Atlantiques.

Sur le Bassin d’Arcachon, le laboratoire développe un réseau spécifique de surveillance de la qualité des eaux marines, en collaboration avec l’Université de Bordeaux (Collège Sciences et Technologies), prenant en compte les paramètres classiques d’appréciation de la qualité biologique des eaux. Il joue un rôle d’expertise et d’aide à la décision auprès des partenaires institutionnels locaux et régionaux, notamment en matière de préservation de la qualité des eaux littorales et de protection des milieux naturels.

Il réalise des études locales (étude de la prolifération des algues, reproduction des huîtres creuses, étude intégrée du Bassin d'Arcachon, ...).

Il dispose et développe des outils d’aide à la décision (modèle hydrodynamique du Bassin d’Arcachon, Système d’Information Géographique).