Le site de Brest (plus précisément Plouzané) est le plus grand centre de l’Ifremer, en taille (30 ha) et en personnel (610 salariés permanents - chiffres datant de 2018).  La localisation du siège à Brest offrait de nombreux avantages : une situation géographique qui en fait un point avancé dans l’océan, un port accessible à toute heure de marée, des installations portuaires très complètes, la proximité de grands fonds océaniques, une eau de mer peu polluée, la présence de la Marine Nationale et de l'Arsenal, l’existence de facultés universitaires, la proximité de laboratoires maritimes de recherche fondamentale et d’enseignement (Roscoff et Concarneau) et la mise à disposition par la Ville de Brest d’une importante superficie de terrains.