Le Pourquoi Pas? compte parmi les navires hauturiers de la Flotte océanographique française, qui met à la disposition de la communauté scientifique nationale un ensemble de moyens navals (navires, engins, instruments de mesures et de prélèvements, systèmes sous-marins) pour acquérir de nouvelles connaissances sur l’océan, un milieu difficile d’accès par excellence. C’est un outil indispensable dont la performance conditionne l’avancée des sciences marines. 

La Flotte océanographique française est armée par Genavir et opérée par l'Ifremer.