L'électrophorèse sur gel est une variante de l'électrophorèse de zones.

Très utilisée en biochimie ou en biologie moléculaire, cette technique d'électrophorèse permet de séparer des molécules en fonction de leur charge, de leur taille (appelée poids moléculaire) ou les deux à la fois en les faisant migrer à travers un gel par application d'un champ électrique. Le gel est rempli d'une phase aqueuse saline, le plus souvent tamponnée dont les ions jouent le rôle d'électrolyte et conduisent le courant. Les molécules analysées migrent dans le gel sous les effets conjugués de la force exercée par le champ électrique et des forces de friction exercées par la matrice du gel.